可完全自订的层叠(Layer Stack)和层面的上下排列顺序，还有可完全自订的层面材质(Material)与板层厚度(Thickness)作为传输线效应分析使用
只显示被定义的板层
可完全自订盲孔与埋孔(Blind & Buried)的层对(Layer Pair)，并支援在设计规则内的定义
层面名称可被更改与自订，名称最长可使用至255字元
一条信号线可被设定在多重的内层电源或接地层(例如有两层内层接地层的信号可以都是GND)
所有贯孔包括盲孔或埋孔皆可被设定连接到内层电源或接地层。
增加的层面与可自订的层叠
使用Protel 99 SE可以让您建立您的印刷电路板至
32 布线层
16 内层电源或地线层
16 机构标示层
外加原有的防焊层、SMD钢板层、文字网印层、钻孔尺寸图层、钻孔位置图层、阻进层(KeepOut Layer)和布线总合层(Multi-Layer)。
您可以简单又快速的在Protel 99 SE中定义您的板层堆叠。从32层布线层、16层内层电源/地线层和16层机构标示层去挑选所需，以完成您板层结构的设定。而所有的层面名称可以被更改，并且一条信号线可被设定属于很多不同的内层电源或接地层
这么充足的板层数量让您拥有最大的自由度与扩充能力去发挥。现在Protel 99 SE具有可完全自订的层叠，因此您可以去自订一些特殊用途的层面和更改该层面名称，并设定该层面在所有层叠的排列顺序。因为只有您所定义的板层被显示，因此可以让您所设计的板层单纯化，不会再看到或选到未被选用的层面。
这些板层的定义参数资料(板层材质与板厚)也会被运用在Protel 99 SE的Signal Integrity功能上，让您在PCB的传输线效应分析可以更方便。
自订钻孔的层对(Drill Pairs)
在Protel 99 SE有加强对于盲孔与埋孔的设定，甚正还加强包括钻孔层对的自订。而全新的层对设计规则将测试所有的贯孔，并标示出未符合定义的层对规则之钻孔层对。
加强电源层(Power Plane)的连接特性
由于高速电路设计与传输线效应分析之问题在印刷电路板的整个设计上变得愈来愈重要。因此对于内层电源/接地层的管理之重要性，进行了很好的改良，让您掌控所有电源/接地层的管理设定。
现在任何信号线都可以同时被指定属于不同的内层电源/接地层，并且提供设计规则检查(DRC)，让您可以合理的定义出具有多个内层接地层或电源层的情形。
提供贯孔直接连接内层电源/接地层的特性(原来只提供以焊点来进行连接)，让您很容易的去应付类似双面都摆置零件或使用BGA零件或甚至一些高密度需求的印刷电路板之情形。
Protel 99 SE的布线层、内层电源/接地层和机构标示层的增加，让您具有对付现今复杂的PCB设计的实力。
3) PCB工作编辑区的加强
当您设计一个较复杂的PCB时，系统会时常去进行一些较琐碎的计算和分析，增加了您的工作时间。而现在Protel 99 SE的PCB编辑介面上，则加强了一些新的特性与功能，让您在PCB布线与编辑上更简单容易，缩短更多的处理时间，并得到更多的生产效益。
重点提示：
可直接对焊点(Pad)定义防焊与SMT钢板的扩充值(Solder Mask or Paster Mask Expand)
可直接对贯孔(Via)定义防焊与SMT钢板的扩充值全新的Pad和Via的反遮罩(Tent)设定选项(所谓的Tent就是将防焊遮罩拿掉，也就是要盖绿漆)
全新自动调适移镜(auto panning)速度的功能，提供您在任一倍率的画面下，皆能得到最平顺与最有弹性去调控的画面自动移镜效果
所有画面出现的选单或表单都能依实际的数值来排序(避免有A1、A10…A19、A2、A20的排列情形)
当光标移动在任何工作区上的物件时，状态列可显示更多详细的信息内容
提供可以在单一的DDB档案内，增删其内部所含的个别零件库档案(当DDB含有很多LIB时)
可按住CTRL键让物件的锁点功能(electrical grid)暂时取消
可按住ALT键让布线方式暂时从回避障碍物(Avoid Obstacle)切换至忽略障碍物(Ignore Obstacle)的方式。
开放零件的序号(Designator)与标注(Comment)的整体性编辑(Global editing)功能
提供犁穿方式(Plow Through Mode)，可让走线摆置在已铺设的铜箔(Polygon)上面时，该铜箔立即自动避开该走线
全新的圆弧绘制方式
现在可以将尺寸标示物(Dimensions)、座标标示物(coordinates)和铜箔面(polygons)做分解(炸开)的动作
即时信息特性
现在您再也不需要对画面上的物件内容有一无所知的感觉了。因为在Protel 99 SE里，当您将光标停在工作区的某一物件上时，状态列将会显示该物件相关的详细信息。例如当您光标移至某一零件上时，您将会立即的看到状态列显示该零件的序号、零件的参考基点、摆放的层面、使用的零件包装名称和摆置的旋转角度。而停留在走联机您将看到该走线的头尾两端座标、摆置的层面、所属的信号和线宽。
在Protel 99 SE加强了PCB Editor的浏览主控台(Browser Panel)去追踪工作区之信号线是否被点亮(Highlight)的情形。当您将Browser Panel的方式设定为Net，如果工作区上有信号线被点亮，则您会立即看到在浏览主控台的该net名称也立即以反白作为提示。
另外，Protel 99 SE的所有表单排序也被改良，包括所有的弹出式选单、下拉式选单及浏览式表单等等，现在可以以(字母─数值)的方式来排序，因此您可以很容易的去找寻到您所要之项目的物件。
加强操控方式
Protel 99 SE让您掌控更多PCB Editor的环境。当您在手动布线中按住CTRL键不放，则可以去暂时关闭电气格点(electrical grid)的锁点功能。按ALT键不放，则可以暂时切换在手动布线中回避障碍物(Avoid Obstacle)与忽略障碍物(Ignore Obstacle)的方式。另外有一个新的圆弧绘制功能可以让您在绘制时，如同在画圆形一样简单。当您将光标移动至走线(Track)或矩形图块(Fill)，光标可以自动的锁定到物件的中心。
PCB零件序号(Designator)与标注说明(Comment)现在可以使用整体属性编辑(Global Editing)去做修改。您可以对整个板子使用简单的寻找和取代的规则去改变零件序号或标注说明的所有字串或部份字串。
在Protel 99 SE的尺寸标示(dimensions)、座标标示(coordinates)和铜箔面(polygons)可以被分解(炸开)为构成它们本身的最原始图件。当您使用此项功能时，就可避免您在英制单位下工作时，因移动原本公制的尺寸标示物而被转换为英制尺寸标示值的情形。利用此功能，您亦可将已经被分离成多线段组成的铜箔面(Polygon)贴至内层电源接地层上(作为内层走线的隔离区块)。
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